クローン病は、いわゆる「難病」のうち、難病対策推進のため調査研究の対象になっている疾患のひとつであり、医療保障の特定疾患医療給付があります。所定の手続きをすれば医療費の補助が受けられます。


このような受給者票が交付されます。
医療費の一部は自己負担となり、負担額は生計者の所得によってAからGの段階まであります。
| 階級区分 | 対象者別の一部自己負担の月額限度額 | |||
| 入院 | 外来等 | 生計中心者が患者本人の場合 | ||
| A | 生計中心者の市町村民税が非課税の場合 | 0円 | 0円 | 0円 |
| B | 生計中心者の前年の所得税が非課税の場合 | 4,500円 | 2,250円 | 対象患者が、生計中心者であるときは、左欄により算出した額の1/2に該当する額をもって自己負担限度額とする。 |
| C | 生計中心者の前年の所得税課税年額が10,000円以下の場合 | 6,900円 | 3,450円 | |
| D | 生計中心者の前年の所得税課税年額が10,001円以上30,000円以下の場合 | 8,500円 | 4,250円 | |
| E | 生計中心者の前年の所得税課税年額が30,001円以上80,000円以下の場合 | 11,000円 | 5,500円 | |
| F | 生計中心者の前年の所得税課税年額が80,001円以上140,000円以下の場合 | 18,700円 | 9,350円 | |
| G | 生計中心者の前年の所得税課税年額が140,001円以上の場合 | 23,100円 | 11,550円 | |
治療の結果、次の全てを1年以上満たした場合、
「軽快者」としてあつかわれ、医療費の補助が受けられません。ただし、再燃したり症状が悪化した場合にはあらためて受けることができます。